Alloimmunologiczna, lub izoimmunologiczna neutropenia noworodków występuje u płodu z powodu niezgodności antygenowej neutrofili płodu i matki. Izoprzeciwciała matki należą do klasy IgG, przenikają przez barierę łożyskową i niszczą neutrofile dziecka. Izoprzeciwciała to zazwyczaj leukoaglutyniny, reagują z komórkami pacjenta i jego ojca, nie reagują z komórkami matki.