Objawy złego wchłaniania witaminy B12 rozwijają się od pierwszych miesięcy życia dziecka. Obserwuje się osłabienie, bladość, opóźniony rozwój fizyczny, biegunkę. Zaburzenia neurologiczne obserwuje się 6-30 miesięcy po wystąpieniu pierwszych objawów: upośledzenie umysłowe, neuropatię, mielopatia.