Niestrawność pozajelitowa związana jest z ostrymi chorobami poza przewodem pokarmowym (patologia układu oddechowego, sercowo-naczyniowego, moczowego i innych), gdy przewód pokarmowy jest dotknięty zatruciem, niedotlenieniem, zaburzeniami krążenia, zmianami w ośrodkowym układzie nerwowym i układzie nerwowym autonomicznym, upośledzeniem motoryki, pojawia się dysfunkcja jelit.