Pierwotne przewlekłe zapalenie dwunastnicy jest bardzo rzadkie. Głównymi czynnikami wywołującymi są nieregularne posiłki, częste spożywanie pikantnych, grubych potraw, mocnych napojów alkoholowych, nadmierne ilości tłuszczów, węglowodanów; palenie; nadmierne zamiłowanie do kawy, mocnej herbaty.