Główne kierunki leczenia farmakologicznego zapalenia mięśnia sercowego są określone przez główne ogniwa patogenezy zapalenia mięśnia sercowego: stan zapalny wywołany zakażeniem, niewystarczającą odpowiedź immunologiczną, śmierć kardiomiocytów (z powodu martwicy i postępującej dystrofii, kardiosklerozy mięśnia sercowego) i zaburzenie metabolizmu kardiomiocytów. Należy wziąć pod uwagę, że u dzieci zapalenie mięśnia sercowego często występuje na tle przewlekłego ogniskowego zakażenia, które staje się niekorzystnym tłem (zatrucie i uwrażliwienie organizmu), przyczyniając się do rozwoju i postępu zapalenia mięśnia sercowego.