Najczęstszą przyczyną odmiedniczkowego zapalenia nerek są przedstawiciele rodziny Entembacteriaceae (pałeczki Gram-ujemne), z których Escherichia coli stanowi około 80% (w ostrych, niepowikłanych przypadkach); rzadszymi patogenami są Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.