H. influenzae to Gram-ujemne pleomorficzne komórki w kształcie pałeczek lub kokosów o wymiarach (0,2-0,3) x (0,5-2) µm. Występują w rozmazach pojedynczo lub parami, a czasami w postaci krótkich łańcuchów i grup. Na gęstych podłożach tworzą małe (do 1 mm średnicy) okrągłe, bezbarwne kolonie. Mikroorganizmy są nieruchome, nie tworzą zarodników, możliwe jest jednak tworzenie form otoczkowych, z którymi wiążą się właściwości patogenne. Patogen wytwarza endotoksynę, której nośnikiem są polisacharydy otoczkowe.