Przewlekłe zapalenie wątroby typu B z czynnikiem delta jest w większości przypadków cięższe niż niepowikłane zapalenie wątroby typu B z wirusem delta. Istnieją dowody na to, że czynniki wirusowe (genotyp) mogą w dużej mierze determinować przebieg choroby. Ogólnie rzecz biorąc, w przeciwieństwie do przewlekłego zapalenia wątroby typu B i wirusowego zapalenia wątroby typu C, w przypadku których co najmniej 70-50% pacjentów przeżywa swoje życie bez rozwoju marskości wątroby, 100% pacjentów z przewlekłym wirusowym zapaleniem wątroby typu D nieuchronnie rozwija marskość wątroby w ciągu 15-30 lat od momentu zakażenia przy braku leczenia.