Gorączkę krwotoczną krymską odróżnia się od innych gorączek krwotocznych, grypy, leptospirozy, zakażenia meningokokami, duru brzusznego, chorób chirurgicznych z zespołem „ostrego brzucha”; a także od plamicy małopłytkowej (choroby Werlhofa) o charakterystycznym podostrym początku, braku odczynu temperaturowego, wysypce krwotocznej od małych wybroczyn do dużych wybroczyn na powierzchniach zginaczy kończyn, tułowia, częstych krwawień z nosa i innych krwawień, niedokrwistości niedobarwliwej, leukocytozy, trombocytopenii i braku zmian w układzie sercowo-naczyniowym.
