Rozszczep podniebienia miękkiego występuje, gdy zarodkowe zawiązki podniebienia miękkiego nie łączą się. Blaszki podniebienne nie łączą się całkowicie wzdłuż linii środkowej, co jest realizowane w różnych ubytkach podniebienia miękkiego - od najbardziej nieznacznych, na przykład, gdy rozszczepiony jest tylko języczek (uvula bifida), do całkowitego rozszczepu podniebienia miękkiego, często obejmującego podniebienie twarde.